Kingdom Heartsin tarina

Pelin päähenkilö on 14-vuotias Sora, joka asuu leppoisasti ystäviensä kanssa omalla saarellaan unelmoiden päivästä, jolloin hän voisi matkustaa lautalla muihin maailmoihin ystäviensä kanssa. Tämän ajatuksen hän on saanut toiselta ystävältänsä, 14-vuotiaalta Kairilta, jonka menneisyydestä kukaan ei tiedä mitään. Eräänä päivänä Sora ja hänen paras ystävänsä Riku löysivät muistinsa menettäneen Kairin. Pian heistä kuitenkin tuli mitä parhaimmat ystävykset.

Ennen matkan alkua mystinen myrsky erottaa ystävykset ja Sora ilmestyy eri maailmaan mukanaan avaimen muotoinen miekka. Pian Sora törmää kaksikkoon, Akuun ja Hessuun, jotka ovat lähteneet etsimään mystistä "avainta" kadonneen kuninkaansa käskystä. Tästä alkaa mystinen matka tuntemattomaan, jonka aikana vaaroista ei ole puutetta. Matkan aikana Sora alkaa ymmärtämään tarkemmin, mitä tarkoittaa ystävyys ja kuinka lujaa se voi olla.